Rapat Kerja dilaksanakan pada Akhir Tahun Pelajaran dilaksanakan bersama-sama dengan Kepala Madrasah se Surabaya. Secara garis besar pembahasan rapat kerja mencakup pembahasan mengenai evaluasi kinerja, rencana kerja dan program kerja kedepan.
Rapat kerja dipimpin langsung oleh Ketua MKKM MTs Surabaya bersama pengurus lainnya guna melengkapi kegiatan-kegiatan yang sudah dilaksanakan.
Evaluasi kinerja : Evaluasi kinerja dilakukan pada setiap kegiatan, sehingga bisa kita rapikan dari awal dan menjadi evaluasi bersama.
Rencana Kerja : MKKM MTs Surabaya terdapat 9 program dengan 12 kegiatan, 10 indikator kinerja kegiatan, rinciannya program menejemen dan program teknis lainnya, termasuk pembinaan guru, operator madrasah meliputi administrasi dan keuangan.
Program Kerja : Program Kerja dilakukan dengan sistem musyawarah mufakat untuk meminimalkan potensi tidak terjadi kegagalan melaksanakan program sehingga dari awal tahun dipersiapkan dengan baik dan diakhir tahun tinggal memfixkan hasil yang telah dicapai.